В 1940 ТЮЗ впервые получил постоянное помещение на улице Партизанской, дом 2, где сейчас находится Дом учителя. Актёры сами переоборудовали сцену и зал, но поработать в новом здании не пришлось. Началась Великая Отечественная Война.

«Возвращались с шефского спектакля, который давали в загородном пехотном училище, - рассказывал актёр А.А. Роденберг. —Автобус вёз нас на радиостудию на репетицию передачи. Настроение у всех было прекрасное и даже как-то не особо задумались, проезжая по улице Ленина, почему так много людей собралось около уличного репродуктора. И только приехав на радио, всё узнали. Это была война».

В конце июня 1941 года ТЮЗ провожал на фронт актёров Геннадия Рыбина, Василия Янтикова, Алексея Сурина. Леонид Измоденов, актёр и помощник режиссёра, в июле 1941 ушёл на фронт добровольцем. Лейтенант, командир роты автоматчиков, Измоденов погиб 3 декабря 1942г. в битве за Сталинград. Похоронки на Г. Рыбина и А. Сурина пришли в театр в 1941г.

В первые же дни войны коллектив ТЮЗа включился во всенародное дело борьбы с фашизмом. Молодые актёры Н. Малышева, И. Никулина, Е. Компанейцева, В. Соловьёв, В. Нечаев, Е. Вальденберг, Е. Снежина, А. Лялина, А. Розенберг, О. Елькина уже 23 июня 1941г. выступили в военных частях, а позднее - в больницах и госпиталях с литературно-музыкальной композицией «Дан приказ ему на запад». С концертными программами выезжали в районы области, и, конечно же, показывали спектакли. В 1941-1942 гг. шли спектакли «Таня» А. Арбузова, «Таинственный остров» Ж. Верна, «Приказ по фронту» Г. Мдивани. «Спектакль «Приказ по фронту», - писала «Омская правда» 28 мая 1942г, - посвященный героическому прошлому, перекликается с нашими сегодняшними днями, и воспринимается зрителями как призыв к неустанной борьбе с немецко-фашистскими захватчиками».

В г. Омск был эвакуирован из Москвы театр им. Е. Вахтангова. Вахтанговцы работали на сцене драматического театра. На сцене ТЮЗа постановку спектаклей «Тимур и его команда» А. Гайдара и «Осада мельницы» Э. Золя осуществил великий советский актёр и режиссёр, народный артист СССР Николай Павлович Охлопков.

В 1942г. труппа ТЮЗа «разделяется» на две. Группа актёров работала в Театре Крайнего Севера (г. Ханты-Мансийск). Другая группа - в Таре, затем в Ишиме. Художественный руководитель театра А. Волков восстанавливает спектакли «Профессор Полежаев», «Бесприданница», ставит спектакли по пьесам Мольера и Шиллера, а также две остросовременные пьесы К. Симонова: «Жди меня» и «Парень из нашего города».

В 1942г. на фронт призваны актёры А. Гершевич и А. Розенберг. Арнольд Гершевич вернулся в ТЮЗ в 1948г. Анатолий Розенберг - в 1949г. вернулся орденоносцем: два ордена Славы, медали «За взятие Вены», «За освобождение Праги», «За победу над Германией».

В 1943г. ТЮЗ возвращается в Омск. Актёры работали на разных площадках города, и только в декабре 1944 театр вселился в своё здание на улице Партизанской. Актёры выступают в госпиталях, репетируют новые спектакли и... ремонтируют свой театр. 16 мая 1945г., наконец, сыграли спектакль на своей сцене, и этот день можно считать датой второго рождения ТЮЗа.